Il numero dei rifugiati in Italia superò le 13.000 unità, costringendo il governo italiano a misure drastiche di contenimento, sfociate nel drammatico affondamento di un peschereccio albanese che causò la morte di circa ottanta persone.

Le trattative avviate tra il governo albanese e il governo italiano, e tra questo e i vari organismi internazionali, al fine di giungere a una normalizzazione e a una pacificazione nazionale, e nel mese di giugno 1997 sono venute le nuove elezioni. La vittoria del Partito socialista fu duramente contestata da Berisha, che con il suo partito avviò un sistematico boicottaggio dei lavori parlamentari; alla presidenza del paese venne eletto Rexhep Mejdani, anch'egli membro del Partito socialista.
Dopo pochi mesi di relativa calma, lo scontro tra governo e opposizione è ripreso, sfociando, nell'estate 1998, prima nell'abbandono del Parlamento da parte del Partito democratico e poi, a settembre, in una violenta rivolta dei sostenitori di Berisha, che per diverso tempo hanno mantenuto il controllo su ampie parti del Nord dell'Albania.